种子成熟度分析仪对叶绿素进行测量时是非破坏性的，通过测量种子种皮内的叶绿素发出的荧光强度，来判断种子内的叶绿素含量高低，进而判断种子的成熟度和种子的质量。叶绿素含量越低（叶绿素荧光强度越低），种子成熟度越高。此外还可用于检测种子的完整性。破裂的种子会将叶绿素释放出来，导致测得的叶绿素含量偏高。